自转基因技术诞生以来，国内外就存在广泛争议。为论述方便，本文把支持转基因的简称为“挺转”，反对转基因的称为“反转”。
1. 纷争缘起
1990年代初，棉铃虫灾害导致棉花减产超过40%。棉花产业举步维艰，美国转基因抗虫棉乘虚而入，1998年，孟山都公司垄断了中国棉花市场份额的95%，好在后来中国自己做出了转基因棉花。1999年，中国的转基因棉花开始产业化，用了10年时间，击败了孟山都公司，占据90%以上的转基因棉花市场。但几乎同时起步的转基因大豆，由于没有产业化，在15年中节节败退，致使中国成为全球较大的大豆进口国，每年要进口数千万吨大豆，其中2016年就进口8000多万吨，绝大部分是转基因大豆。对于转基因棉花之事，媒介、科学界都没有进行有效的宣传，公众并不知情。
1990年代末期的欧洲，发生过几起食品安全事件，加上绿党的政治力量渐强，欧洲反转运动开始兴起。1998年，苏格兰Rowett研究所的科学家阿帕得·普斯泰在尚未完成试验并且没有发表数据之前，通过媒体告诉公众，他在实验中用转基因土豆喂食大鼠，大鼠“体重和器官重量严重减轻，免疫系统受到破坏”。英国皇家学会次年的的评审报告指出，普斯泰的实验过程错误百出，试验结果无法重复，结果不可信。
彼时中国还处于和转基因技术的蜜月期，科学家、企业和农民刚刚在转基因棉花上看到了这项技术巨大的潜力。
绿色和平是一家国际性的非营利性环保组织，很多环保组织和转基因似乎天生是敌人，环保组织认为工业化破坏了环境，向往田园牧歌式的农业生产，人类用科技干预自然会带来万分凶险。中国的绿色和平组织自我标榜：不反对转基因研究，只反对转基因食粮的商业化。
绿色和平善于且乐于和媒体打交道，它一直通过媒体向公众传达这样一个信息——转基因技术有不可预知的风险。从2002年起，绿色和平每年都会通过媒体发布和转基因相关的报告，至今已经有25份。
1998年，中科院院士张启发和他的团队开发出转基因抗虫水稻。然而15年后，不但转基因水稻没有上市，连他在内的一大批科学家都被扣上了“汉奸”的帽子。盲目乐观的科学家们忘记了人类对新技术与生俱来的恐惧。
2. 反转舆论风生水起
绿色和平及其支持者很有策略，知道什么时候发什么消息，知道怎么吸引媒体注意。
2002年绿色和平发布了一份《转Bt基因抗虫棉环境影响研究综合报告》让人印象深刻：棉农将面对不受控制的超级害虫，转基因抗虫棉不但没有解决问题，反而制造了更多的问题，棉农将被迫使用更多、更毒的化学农药。这被转基因的支持者们看成是反转运动的首要枪。
当时，农业部没有回应。实际上，并没有发现棉铃虫的种群已经对Bt棉产生抗性。中国农业科学院植物保护研究所的实验结果表明，由于少用农药，抗虫棉棉田中的捕食性天敌数量大大增加，害虫棉蚜（伏蚜）的数量减少了443-1546倍。Bt棉可减少农药使用70％-80％，减少人畜伤亡事故，这已是公认的较大生态效益，而这些绿色和平没有提及。8年后，农业部在官方网站的“转基因权威关注”频道建成后做出以上回应。
2004年开始，绿色和平向超过60家食品生产商询问他们在使用转基因原料方面的政策，并据此编写《避免转基因食品指南》。此后，年年都有更新，并且采取街头发放的方式。
食品巨头们都忙不迭地做出不使用转基因原料的表态，那些不愿意或来不及回应的食品生产商，比如百威、旺旺、康师傅，则被绿色和平列入红名牌警示，出现在媒体上。
科学家们显然没有和媒体打交道的传统和经验，在转基因之战的前期，科学家们这样解释转基因的安全性，“没有证据表明转基因食品存在特殊的风险”。
科学界明白，这意味着，现有的证据都支持转基因是安全的，但这确实不是公众喜欢的答案。
怀着对未知食物本能的恐惧的公众，在食品安全事故高发的当下，希望得到确实安全的保证，但科学界给不了，因为确实安全的食物并不存在。
随着公众舆论越来越强烈地转变为对转基因的敌视以及对科学提供的保证不信任的态度时，科学家们觉得愤懑而无助，偶有失态。
一位转基因科学家在回答环保组织的质疑时这样说，“列宁说过，一个愚蠢的人提的问题，100个聪明人也回答不了。”
在很长的一段时间里，科学家不敢发言，因为一旦说话就会招来一片骂声。
国内舆论压力过大,专家们大多数都不肯出来说明，有些人甚至连做研究也灰溜溜。这种状况可能导致中国自主技术更加落后，而并不影响美国的转基因技术研发和推广，作为转基因技术的管理部门之一，农业部在转基因舆论战的初期极少正面回应绿色和平。
出于贸易保护的考虑，政府当时对转基因采取了一种保守的态度，默许了绿色和平的行为，一位接近农业部的科学家同意这种说法。
资深科技记者、基因农业网主编方玄昌在总结当时情况时这样说道：“中国政府相关部门较大的失误是，在一系列误解产生影响之前，没有防范于未然。在公众还对转基因不了解的时候，如果告诉公众转基因是什么，和普通作物有没有什么本质差别，效果会好很多，而现在，公众已经根深蒂固、先入为主地觉得，它是个危险的东西，再来做科普工作，太难了。”
汹涌的民意之下，政府对转基因技术的态度摇摆不定。
2005年，绿色和平在湖北市场采集了25份种稻谷、大米和种子，送到德国一家实验室检测，绿色和平称，在这25个样本中，19个在DNA检测中呈阳性，显示为转基因水稻。中国没有批准转基因水稻的商业化种植，它们本不该出现在市场上。这份名为“非法转基因水稻污染中国大米”的报告又一次拨动了公众脆弱的神经。
3. 左翼介入，使争议蒙上了政治色彩
左翼组织乌有之乡和一些左翼人士的加入，这场反转运动脱离了原先的轨道，变得更加波谲云诡。
2008年以来，乌有之乡在其网站上刊登了超过3400篇和转基因相关的文章，用夸张和耸人听闻的语言描述转基因技术。
张宏良2010年在乌有之乡网站发表的《广西抽检男生一半精液异常，传言早已种植转基因玉米》一文称，迄今为止，寰球所有国家传来的有关转基因食品的负面消息，全都是小白鼠食用后的不良反应，唯独中国传来的是大学生精液质量异常的报告。张宏良试图将广西大学生精液异常与种植转基因玉米这两件事联系起来，这也正是导致公众恐慌的根本原因。
实际上，根据农业部门的调查，广西并没有种植转基因玉米。广西抽检男生一半精液异常的说法，确有出处，来自广西医科大学首要附属医院男性学科主任梁季鸿的《广西在校大学生性健康调查报告》，但这份报告，根本就没有提到转基因三个字。显然，张宏良要么造谣要么传谣。
罗云波指出，“他们说的话，更容易被大众接受，因为最直接了当，比如转基因食品引起癌症，断子绝孙，为什么？他不说，或者就是引用伪科学的所谓的实验。反对转基因的人，各个国家都有，但反对的理由都不一样，五花八门，中国的特点是什么，断子绝孙，这是中国人最怕的。”
乌有之乡还为中国式反转注入了新的元素——阴谋论。
转基因的研发是一项烧钱的工程，在美国，转基因是由孟山都、先锋这样的大型种业公司、科学家共同推动的一项产业，经过多年的发展已然成熟，无论在技术还是在市场上，都极具优势；而中国国的种业公司相对弱小，转基因由政府出资研发。孟山都每年的研发资金超过10亿美元，也收获了巨大的商业利益。
这样的强弱对比是滋生阴谋论的温床。观察家赵希渝在《国内外反转基因运动概述》中提到，寰球主要的种业公司几乎都开展转基因研究，推出转基因品种，绿色和平对美国的两家公司孟山都和先锋攻击最为猛烈，而这种攻击恰恰符合对美国阴谋论的想象。
在乌有之乡及其支持者的论调中，转基因技术是美帝国主义为了灭绝中华民族，专门研制的一种生物武器。那些从事转基因研究的科学家，支持转基因的科学家，都被扣上了“汉奸”和“卖国贼”的帽子。
在一个中国农业大学的学术报告会上，一个中年女子在会场开骂，“张启发，你这个卖国贼！你为了你的美国主子，把十三亿人当成了小白鼠！”随后，一个戴红帽的男性操起首要排的茶杯，向演讲台砸去。
讽刺的是，不少反转派们声称自己不反对转基因研究，只是反对转基因商业化。而在中国，正是产业化的转基因棉花赶走了孟山都，而没有产业化的转基因大豆溃不成军。
孟山都当然希望敲开中国这个巨大的市场，他们曾经做到过。因为棉铃虫危机，孟山都的抗虫棉曾在上个世纪末占据了95%的中国市场。
4. 转基因作物首获安全证书
2008年，转基因作为农业领域的只此个项目，和大飞机研制一起，进入了16个中长期重大科技专项。按照中国农科院生物研究所研究员黄大昉的说法，转基因重大专项主要是为了推进转基因作物的商业化。
这可算得上是转基因的重大胜利，这个重大专项计划在15年内投入240亿——这将是有史以来投入资金最多的农业科技项目。政府的目标明确，培育一批抗病虫、抗逆、优质、高产、高效的重大转基因生物新品种，提高农业转基因生物研究和产业化整体水平和中国农业国际竞争力。
就在转基因成为重大专项的第二年，2009年8月，华中农业大学张启发教授的团队拿到了两张转基因水稻安全证书——“转基因抗虫水稻华恢1号”和“转基因抗虫水稻汕优63”，这被认为是转基因商业化最难的一关，张启发和他的同事为了这两张安全证书，等了11年。这两张国内自主研发的转基因水稻的安全证书的相关信息，被放在一个很少更新、普通公众几乎不知道的专业网站上。
绿色和平于当年11月发现并公布了这个消息，引起了长达数个月的争议后，农业部才正式就转基因水稻的安全证书表态——经过11年的评审，发放了安全证书。
当时普遍认为，转基因水稻商业化种植近在咫尺。但是，和安全证书一起到来的，是铺天盖地的质疑：为什么要13亿人当小白鼠？虫子不吃为什么要给人吃？为什么只有中国热衷于将转基因主粮商业化？
在接下来的4年里，转基因的反对者和支持者，占据了大量的媒体版面，围绕着谣言、被歪曲的细节和不可预知论，隔空论战那些令人费解的问题——现在安全能代表50年乃至100年后安全吗？那些不可预知的风险怎么办？
转基因的支持者、反对者和官方都心知肚明：绕不开的民意，推迟了转基因粮食的商业化步伐。
按照现行法律，转基因作物拿到安全证书之后，还要通过品种审定、拿到生产许可证、经营许可证，才能进行商业化种植。
安全证书的有效期是5年，两张转基因水稻安全证书2014年即将过期。而转基因水稻的品种审定迟迟不能启动，商业化种植更是遥遥无期，就连它的研发者张启发也不乐观。
媒体观察员徐达内注意到了官方态度的微妙变化，他在《“反转”误国》的媒体札记中写到，中国官方在认可推广转基因技术方面向前迈了一小步——至少，从近期媒体报道情形来看，是这样的。
2010年7月，农业部的官方网站建立了“转基因权威关注”频道，一些和转基因相关的法律法规，哪些国家公司的转基因产品获准进口，哪些国产的转基因产品获准种植，参与转基因产品安全评价的农业转基因生物安全委员会的科学家组成等信息，开始逐步披露。虽然农业部宣称转基因评审过程严格，程序规范。可惜的是，这个严谨的过程、规范的程序并不为公众所知。在无法充分获知信息的前提下，也无怪公众每次面对转基因议题，多少都显得有些过分焦虑。
5. 谣言惑众
反转人士喜欢拿一些毫无科学根据的事情作文章，迷惑了不少民众。
2012年的黄金大米事件和法国转基因玉米致癌实验让公众的态度雪上加霜。
还是绿色和平，率先披露了一则新闻，题目是《揭开“黄金大米”背后的秘密——孩子不是转基因的实验对象》。
这则消息的开头写到，美国科研机构发布了它们对24名中国湖南省儿童进行转基因大米人体试验的结果。
美国塔夫茨大学和中国疾控中心，选取了88名儿童，他们都是湖南省衡南市一所小学的学生，随机分成了3组，其中一组25名儿童午餐进食60克黄金大米，后对其体内维生素A含量进行检测，研究结论是，黄金大米与维生素A胶囊效果相当。
随后的调查显示，研究人员隐瞒了试验中使用的是转基因大米，仅发放了知情同意书的收关一页，违反了国际医学伦理准则。
虽然黄金大米安全性无疑，这项试验属于有效性试验，但这项试验的重大瑕疵，无疑又给转基因技术增加了一项罪名。
当地政府给进食黄金大米的学生赔偿了8万，没吃的赔了1万。严建兵认为，当地政府开了一个恶劣的先例，暗示了转基因有害。
差不多在同一时间，法国分子内分泌学家塞拉利尼发表论文称，他用转基因玉米喂食了2年实验鼠，雌性实验鼠中，50%到80%的实验鼠长了肿瘤，而且平均每只长的肿瘤多达3个。雄性实验鼠中，出现的主要健康问题包括肝脏受损、肾脏和皮肤肿瘤，以及消化系统疾病。
几乎在顷刻之间，法国转基因玉米致癌的消息传遍了中文寰球，反转派更是如获至宝。虽然欧洲食品安全局最终否定了转基因玉米有毒甚至致癌的研究结论——因为这个研究结论不仅缺乏数据支持，而且相关实验的设计和方法都存在严重漏洞，——但并不影响转基因致癌的论调继续传播。
从1998年以来，几乎每年都有类似的研究或谣言面世，虽然其后都被学术共同体或权威机构所推翻，但坏消息天生比好消息跑得快，没有人记得这些严肃而无趣的学术腔和政府腔，而致癌论、基因污染论、不可预知论已经深入人心。
“政府在其他事件中公信力的缺失，导致了在转基因问题上处处被动，农业部门和科学家们也只是附带出现在不被相信之列，”转基因的支持者，基因农业网主编方玄昌说。
还有一些谣言颇有市场，如：“美国人不吃转基因食品，生产出来都卖给中国人”、“转基因至老鼠减少，母猪流产”、“转基因食品影响子孙后代”、“转基因食品会致癌，导致不孕不育”、“抗虫转基因作物虫子吃了都死，对人体同样有害”、“转基因作物不增产，对生产无益”、“种植转基因抗除草剂作物会产生超级杂草”等等。这些谣言广为流传，一些人信谣传谣，大量复制传播，造成恶劣影响。
有策略的反转人士、进退失据的政府、不被信任的科学家，以及懵懵懂懂的公众，构成中国这个奇特的转基因舆论场。正如科技记者丹尼尔·查尔斯在《收获之神》中写到的，与大多数人类活动相比，农业对谦虚、忍耐这样的旧道德的需求更甚，你在展望新技术的潜力时需要谦虚，期待公众时接受更需要耐心。
