对于转基因食品，支持与反对的纷争主要集中在食品的安全问题上。在回答这个问题之前，我们先来了解一下什么是转基因技术。
人们常说的转基因，与农作物育种密切相关。现代农业有三大育种技术，分别是杂交、分子标记和转基因。
杂交是通过随机配对的方式，让优良基因结合到一起，效率低，时间长，非可控因素多。分子标记可从基因层面筛选出符合要求的种子，节约种植时间，加快育种效率。转基因可以将优良性状的基因直接导入，育种效率高，还能实现跨物种遗传。随着科学技术的发展，人们现在可以打破物种界限进行基因转移，从而达到品种创新和品种改良的目的，这种不受物种生殖隔离限制而进行基因转移的方法就是转基因技术。它将人工分离和修饰过的基因，导入到生物体基因组中，引起生物体性状的变化。
转基因技术与传统育种技术有两点重要区别。首要，传统杂交育种技术只能在相同生物物种内进行基因转移，而转基因技术则不受生物物种生殖隔离限制，可以在不同物种间转移基因。例如，将鱼的基因转到农作物上提高农作物的抗寒性，将细菌的基因转到农作物上使农作物免受害虫危害等。第二，传统的杂交育种技术是在生物个体水平上进行的，两个品种杂交后，来自母本的基因和来自父本的基因混到一起，通过父母基因的重新组合产生新的变异。而转基因技术是从一个物种获得一个功能清楚的基因，并将这个基因转移到需要它的物种中，达到品种改良的目的。因此传统的杂交育种往往是一次转移大量的基因，对于后代的表现较难预期和把握。转基因技术只转移一个或少数具有明确功能的基因，后代表现容易预期和把握。可见，转基因技术是传统育种技术的发展和延伸。
转基因技术是当代高新科技之一，是基因遗传理论、生物化学理论、原生质体培养技术（有性植物无性繁殖技术）、遗传工程技术、转化技术、评价技术等一系列生物理论和技术突破的应用。转基因技术像航天技术一样是一项十分复杂且精巧的技术，基因的构建、转移以及筛选都是非常精准的，目标是可以设计的、风险是可以控制的。从这个意义上说，转基因食品的安全在源头上是在科学家的掌控之中的。经过科学、严格的论证和设计，并按规范的程序操作和检测，转基因食品的安全性是可靠的。
1. 对转基因食品的安全问题，国际权威组织有什么说法
2005年6月1日，寰球卫生组织及世卫食品安全部门就转基因问题发布了一个长达79页的报告，题为《现代食品生物技术，人类健康与发展——以证据为基础的研究》，其中第24页明确写道：“目前国际市场上的转基因食品都经过了风险评估，它们并不比传统的同类食品有更多的风险。”
联合国粮农组织在《使用转基因食品作为南部非洲的粮食援助的联合国声明》中也明确表示：“根据来自各国的信息来源和现有的科学知识，联合国粮农组织、寰球卫生组织和寰球粮食计划组织的观点是，食用那些在非洲南部作为食品援助提供的含转基因成分的食物，不太可能对人体健康有风险。因此这些食物可以吃。这些组织确认，至今还没有发现有科学文献表明食用这些食物对人体健康产生负面作用。”
美国国家研究委员会（National Research Council）和欧盟联合研究中心（Joint Research Centre）都认为，我们现有的知识体系足以评估转基因食品的安全性。
欧盟委员会的报告也指出：转基因作物并未显示出给人体健康和环境带来任何新的风险；由于采用了更准确的技术和受到更严格的管理，它们可能甚至比常规作物和食品更安全。
除此之外，美国食品与药品管理局（FDA）、日本厚生省、澳洲与新西兰食品安全标准局等机构都明确告诉消费者，市场上的转基因食品是安全的。
2. 科技界如何评价转基因食品的安全性
在科学研究领域，尽管转基因科学的研究论文数量庞大，但质疑转基因的安全性的严肃论文却只有寥寥几篇。比如普斯泰（Pusztsi）土豆事件、墨西哥玉米事件、帝王蝶（Monarch butterfly）事件等，但这些研究都因为实验设计不当、无法重复等原因，实验结果被科学界所否定。迄今为止，还没有一项科学研究能证实，转基因食品有害健康。
美国国家科学院、美国国家工程院，以及美国国家医学院召集了50多位专家组成了专家委员会，历时2年，完成了388页报告，回顾超过900项研究，总结转基因作物诞生20年来的数据。结论是：与普通食品相比，转基因食品并未增加人体健康风险。
2016年6月末7月初，有110位诺贝尔奖得主联名发表公开信，呼吁绿色和平组织放弃反转基因的立场。
科学界普遍认可市场上现有转基因食品的安全性。过去十多年，全球共有约8亿公顷土地种植了商品化的转基因作物。迄今为止，这些作物没有对健康和环境产生过任何负面作用。
许多研究都显示，与传统作物相比，转基因作物并没有对环境和健康产生更多 “意外后果”(unintended consequence)。然而，这并不意味着每一种转基因作物都像市售的转基因商品一样表现得那么友善。每一种经过改造的新作物——不论转基因还是传统的基因修饰，都可能带来一些“意外”的恶性后果。在美国，转基因作物必须接受3个政府机构“具体问题具体分析”式的评估，相比之下，传统的基因改造作物却不受上述监管。
3. 如何管控转基因生物及食品上市的安全风险
为了使转基因技术为人类利用，寰球各国技术机构与农业、卫生、食品、环保等监管部门紧密合作，按照安全等级对转基因生物实施严格的安全评价和监管。我国根据国际通行规则，按照农业转基因生物对人类、动植物、微生物和生态环境的危险程度，将安全性划分为四个等级，并从受体生物、基因操作、转基因生物、转基因产品等五个方面进行严谨的安全性技术评价，对上市产品实施严格管理和审批，包括安全评价、品种审定、种子生产许可、种子经营许可、生产加工许可等。
国际上在农业领域应用的都是安全等级为Ⅰ级，也就是“尚不存在危险”的转基因生物及其操作。对转基因食品安全性评价广泛遵循实质等同（Substantial equivalence）原则和个案分析（Case－by－case）原则。因为培育转基因时，我们对转移过去的基因是确定的，能从成分上知道它与传统作物是否有本质区别，具体成分不同在哪里。正是在这个意义上，权威监管机构和科学家们能肯定，转基因食品并不比传统食品有更多风险，甚至比传统食品更安全。通俗地解释这种评价原则就是：如果知道羊肉是安全的，馍也是安全的，那就不应害怕羊肉泡馍，不需再等几代人才敢吃羊肉泡馍。
事实上，转基因农作物评定是有史以来最严格的对农作物品种的评定，转基因食品是有史以来评价最透彻、管理最严格的食品。不仅要通过食品安全评价，还有环境安全评价等。转基因食品在上市前都按要求做过实验检测其安全性。一般是先做生化实验检测，看看转基因作物与同类作物相比，在成分方面出现了什么变化，这些变化是否有可能对人体产生危害；然后做动物试验，看看转基因食品是否会对动物的健康产生不利的影响。经过科学评估、依法审批的转基因作物是安全的，风险是可预防的。
人类首要个转基因食品——防软化的西红柿——上市已有17年，食用转基因食品的人数以十亿计，转基因食品并没有显示对人类健康有新风险，而且，由于超越了传统的植物育种通常的不确定性，使用了更准确的技术和更大的监管审查，它们甚至可能比传统的植物和食品安全。
4. 回答一个质疑
有人质疑，转基因食品对人体有不可预测的风险，这种危险可能要几十年后才能看出来！谁能保证以后不出事？
这种说法被很多人所接受，成为抵制转基因的利器。这种貌似谨慎的说法实际上并不合理。我们使用的归纳法，都是不完全归纳。科学是对未来无限开放的，要证明某种食品未来一定没有副作用，是不可能的任务。对转基因食品提出这种要求，实际上有点“漫天要价”的意思。如果拿“确实安全”说事，传统食品、杂交食品，任何新食品，不是都没法吃了吗？
转基因技术从原理上仍是传统育种方法的延伸，在健康、环保等问题上，转基因并不比传统作物有更高的风险。转基因技术先将具有抗虫、抗旱、抗逆境、控制产量、控制生长期等功能的优良基因“剪切”下来，再“粘贴”到要改良的作物的DNA双螺旋链条上。转基因育种方式甚至比传统育种更安全可靠，用传统育种方法将两种亲本进行杂交时，我们对其基因大多数茫然无知，无法预知其可能的后果；而在转基因时，转入的却是有了透彻了解的特定基因，从而，对食品的安全性更有把握。
还有一点需要指出，转基因不会进入人体。作物中的转基因成分，未必会进入食物成分里。即便进入人体，基因也会被消化成小分子，不可能“转”入人体。譬如，人类吃了千百年的牛羊肉，但头上并没有长角，说明牛羊的基因并没有影响人类。
环保角度看，转基因食品与同类作物相比，由于抗虫害转基因作物能大量地减少农药的使用，也就不用担心农药残留的问题，因而更加安全。而用传统育种方法培育出的新品种很少被严格要求做这类安全检测，就稀里糊涂地上市了，所以说，传统食品并非就不存在安全问题。
当然，未来也可能发现转基因食品有副作用，就像未来也可能发现任何传统食品有害一样。但这必须以确实可靠的证据说话。
自转基因技术出现以来，已经历了近40年的安全研究和近20年的安全食用和使用，迄今为止，没有发生一起经过科学证实的生物安全问题。
5. 结论
综上所述，经批准上市的转基因食品是安全的，人们尽管放心食用。
